デスパー政権が崩壊して早２年の歳月が過ぎた。

旧デスパーシティ、現在のガイゼルシティでは新たな時代が刻まれてゆく。

かつての総統ガイゼルが愛娘・カレンを新政府代表に、新人類らは忌むべき闇の存在から、
世界で生きる光の存在へと羽ばたことしている。


しかし、それを阻む闇の魔手が彼らに迫る。


ジロー、イチロー、マリ、そしてサブローは再び新人類国家へ集う。
彼らの仲間であるイナズマン、そして新人類戦士たちと共に戦うために。


それぞれの『愛』を守るために ――――――