新生ダークとシャドウ組織の沈黙から数ヶ月後。

ジローたちの旅先には、平和な景色だけが広がって見えていた。


しかし彼らの見えない世界から、時代の異変を伝える使者は現れる。


彼らが口にする『新人類』とは、何か―――

総統ガイゼルとデスパーシティとは、一体･･･―――？




物語の中心は「イナズマンＦ」の世界へと交差して展開されゆく。